El tercer secreto de Fátima, mensaje que la Virgen entregó a tres pastorcillos al aparecérseles el 13 de mayo de 1917 en la Cueva de Iria de aquella localidad portuguesa, suele interpretarse en los círculos católicos como algo referido a las persecuciones contra los cristianos.

Según Benedicto XVI, en el mensaje «además de los momentos indicados en las visiones, se habla de la realidad de pasión de la Iglesia, se anuncian sufrimientos de la Iglesia».

«El Señor -agregó- dijo que la Iglesia sufrirá hasta el fin del mundo y esto hoy lo vemos de modo particular».

«No se trata -agregó el Pontífice- de una confrontación ética entre un sistema laico y un sistema religioso, sino de una cuestión de sentido a la cual se confía la propia libertad. Lo que distingue es el valor atribuido a la problemática del sentido y su implicación en la vida pública».

Fue el Martes 11 de mayo de 2010,  antes de su viaje apostólico a Fátima, que el Papa Benedicto XVI, preciso el tema en cuestión, en una entrevista dada al Padre Lombardi: «En 2000, en la presentación, dije que una aparición, es decir, un impulso sobrenatural, que no proviene solamente de la imaginación de la persona, sino en realidad de la Virgen María, de lo sobrenatural, que un impulso de este tipo entra en un sujeto y se expresa en las posibilidades del sujeto. El sujeto está determinado por sus condiciones históricas, personales, temperamentales y, por tanto, traduce el gran impulso sobrenatural según sus posibilidades de ver, imaginar, expresar; pero en estas expresiones articuladas por el sujeto se esconde un contenido que va más allá, más profundo, y sólo en el curso de la historia podemos ver toda la hondura, que estaba, por decirlo así, «vestida» en esta visión posible a las personas concretas. De este modo, diría también aquí que, además de la gran visión del sufrimiento del Papa, que podemos referir al Papa Juan Pablo II en primera instancia, se indican realidades del futuro de la Iglesia, que se desarrollan y se muestran paulatinamente. Por eso, es verdad que además del momento indicado en la visión, se habla, se ve la necesidad de una pasión de la Iglesia, que naturalmente se refleja en la persona del Papa, pero el Papa está por la Iglesia y, por tanto, son sufrimientos de la Iglesia los que se anuncian. El Señor nos ha dicho que la Iglesia tendría que sufrir siempre, de diversos modos, hasta el fin del mundo. Lo importante es que el mensaje, la respuesta de Fátima, no tiene que ver sustancialmente con devociones particulares, sino con la respuesta fundamental, es decir, la conversión permanente, la penitencia, la oración, y las tres virtudes teologales: fe, esperanza y caridad. De este modo, vemos aquí la respuesta verdadera y fundamental que la Iglesia debe dar, que nosotros —cada persona — debemos dar en esta situación. La novedad que podemos descubrir hoy en este mensaje reside en el hecho de que los ataques al Papa y a la Iglesia no sólo vienen de fuera, sino que los sufrimientos de la Iglesia proceden precisamente de dentro de la Iglesia, del pecado que hay en la Iglesia. También esto se ha sabido siempre, pero hoy lo vemos de modo realmente tremendo: que la mayor persecución de la Iglesia no procede de los enemigos externos, sino que nace del pecado en la Iglesia y que la Iglesia, por tanto, tiene una profunda necesidad de volver a aprender la penitencia, de aceptar la purificación, de aprender, por una parte, el perdón, pero también la necesidad de la justicia. El perdón no sustituye la justicia. En una palabra, debemos volver a aprender estas cosas esenciales: la conversión, la oración, la penitencia y las virtudes teologales. De este modo, respondemos, somos realistas al esperar que el mal ataca siempre, ataca desde el interior y el exterior, pero también que las fuerzas del bien están presentes y que, al final, el Señor es más fuerte que el mal, y la Virgen para nosotros es la garantía visible y materna de la bondad de Dios, que es siempre la última palabra de la historia”.