El féretro de Juan Pablo II fue llevado en procesión a la Plaza de San Pedro y colocado sobre una alfombra en el suelo frente al altar mayor, con un evangeliario abierto sobre él. Formaban parte de la procesión los miembros del Colegio Cardenalicio y los patriarcas de las Iglesias Orientales, todos vestidos de rojo. Presidió la Misa el cardenal Joseph Ratzinger y concelebraron 164 cardenales. Millones de personas llegadas a Roma para asistir al funeral de Juan Pablo II, pero que no pudieron entrar en la Plaza de San Pedro, vieron la ceremonia gracias a 27 pantallas gigantes distribuidas por toda la ciudad, incluidos los dos estadios de fútbol de la capital, la Universidad de Tor Vergata, el Circo Máximo, las basílicas de San Juan de Letrán, Santa María Mayor y San Pablo Extramuros, Piazza del Popolo, Piazza Risorgimento, el Coliseo y Via della Conciliazione, la gran avenida que desemboca en la Plaza de San Pedro. En varios momentos de la misa varias personas pidieron a gritos que Juan Pablo II fuera proclamado santo. La petición, acompañada por interminables aplausos, comenzó a escucharse cuando el cardenal Ratzinger terminó la homilía. Además, había alguna pancarta en italiano en la que estaba escrito «Santo subito» (Santo ya) y «Giovanni Paolo II il Grande» (Juan Pablo II el Grande). Tras la oración que sigue a la comunión, el cardenal Ratzinger procedió al rito de las recomendaciones finales y al acto de despedida, al lado del féretro de Juan Pablo II. El cardenal Ruini se aproximó entonces al ataúd, los cantores entonaron la Letanía de los Santos y el cardenal vicario concluyó la súplica de la Iglesia de Roma con una oración. A continuación los patriarcas y arzobispos mayores y metropolitanos de las Iglesias metropolitanas «sui iuris» católicas orientales acudieron al ataúd y, frente al altar, rezaron la súplica de las Iglesias Orientales del Oficio de Difuntos de la liturgia bizantina. Todos los presentes rezaron en silencio y posteriormente el cardenal Ratzinger roció el ataúd con agua bendita mientras el coro cantaba un responso. En el momento del traslado del féretro a la basílica vaticana, los fieles cantaron el Magnificat. Las personas que habían presenciado antes del funeral la deposición del cuerpo del difunto pontífice en el féretro, lo acompañaron hasta las grutas vaticanas a través de la puerta llamada de Santa Marta. El camarlengo, cardenal Eduardo Martínez Somalo, presidió el rito de la sepultura. El ataúd de ciprés con los restos mortales de Juan Pablo II se ató con lazos rojos, sobre los que se imprimieron los sellos de la Cámara Apostólica, de la Prefectura de la Casa Pontificia, de la Oficina para las Celebraciones Litúrgicas del Sumo Pontífice y del Capítulo Vaticano. El féretro de ciprés se introdujo en otro de zinc y se soldó y cerró y sobre él se imprimieron los sellos de las oficinas mencionadas. En la tapa figuraban la cruz y el escudo del difunto pontífice.
